Como Remover Aplicativos do Facebook

Entre no seu perfil do Facebook.

Clique em "Conta" (Setinha no canto superior direito da página inicial)
Clique em "Configurações de privacidade"
Procure por "Anuncios, Aplicativos e Sites"
Clique em "Editar configurações"

Agora na mesma linha do nome do aplicativo que você quer excluir, clique no "x".
Basta confirmar, aplicativo excluído.

Fonte: Blog do Alex